tanaman transgenik umumnya memiliki sifat-sifat unggul yang diinginkan tetapi ternyata tanaman tersebut dapat merusak ekosistem misalnya penanaman tanaman trans

Alergi : Gen asing yang disisipkan pada organisme yang menjadi makanan manusia dapat menyebabkan alergi terhadap individu tertentu

Rusaknya ekosistem : Gangguan terhadap kondisi normal lingkungan dapat menyebabkan rusaknya ekosistem. Salah satu contohnya seperti tanaman kapas Bt. Selain tanaman tersebut menyebabkan matinya hama ulat yang memakannya, hal ini juga diduga menjadi penyebab larva kupu – kupu lain ikut mati.